Klordioksitin hayvan yetiştiriciliğindeki önemi, düşük konsantrasyonlarda etkili, tatsız ve kokusuz bir madde olması, kalıntı ve klor tadı yaratabilecek klorofenollere dönüşmemesi, düşük ve yüksek pH değerlerinde bakteri fungus, alg ve biofilmlere karşı etkili olması, kloramin ve trihalomentanların(THMs) oluşumuna neden olabilecek bazı maddelerle ve amonyakla reaksiyona girmemesi gibi özelliklere sahip olmasıdır. Ayrıca Klordioksit, su kaynaklı parazitlerden klora dayanıklı Giardia ve Cryptosporidium’a karşı da etkili bir maddedir.

Klordioksit hayvan yetiştiriciliğinde, tavuk ve sığır karkaslarının soğutulmasında da kullanılan sularda mikrobiyel popülasyonun azaltılması amacıyla kullanılır. Tavuklarda Klordioksit uygulaması raf ömrünü uzatır. Tavuk karkaslarında Salmonella’yı önler.

Klordioksit’in sulandırılmış klor çözeltilerine kıyasla Listeria mono-cytogenes üzerinde de yüksek oranda öldürücü etkiye sahiptir.

Elde edilen mikrobiyolojik bulguların sonucunda Klordioksit , su ürünlerinde, kırmızı et ve beyaz etlerde, meyve ve sebzelerde tazeliğin korunması ve raf ömrünün uzatılmasında kaçınılmazdır. Sağlığa zarar vermeyecek hale getirdiğinden (sanitizer) Amerika Birleşik Devletleri Gıda ve İlaç Dairesi (FDA) tavuk karkaslarının daldırıldığı soğutma sularında Klordioksit kullanımına izin vermiştir.